O interesse específico pelos vestígios mais antigos da presença humana na área da atual Herdade da Comenda remonta ao final do século XIX, integrado nos inícios da atividade arqueológica em Portugal.
Os indícios mais recuados da ação do homem, que neste local foram identificados, recuam ao Neolítico.
Sobre eles deixou registo António Inácio Marques da Costa – um dos melhores arqueólogos da sua época e um dos pioneiros dos estudos arqueológicos regionais – na revista O Archeologo Português, em 1905:
“Na margem direita da ribeira [da Ajuda], uns 400 metros a montante das cetarias romanas e no sopé do monte Vaqueiro, encontrei os destroços de uma estação, os quaes, a julgar pelos seus caracteres, se podem classificar de neolithicos.A natureza d’estes vestigios e a proximidade do estuario e bahia do Sado levam-me a crer que houve aqui um pequeno porto e povoação de pescadores.Alem de muitas pedras de substancia differente da rocha local, e que provavelmente foram trazidas para este logar para a construcção de paredes das habitações, havia cinzas, carvão, e muitos destroços de objectos onde se exerceu a atividade do homem”.
A. I. Marques da Costa, “Estações prehistoricas dos arredores de Setubal: habitaçoes prehistoricas ao longo da costa marítima”, O Archeologo Português, Vol. X, 1905, pp. 189-190.