Os comendadores das ordens religiosas militares tinham funções administrativas e militares.
Administrativamente vigiavam o estado dos bens de que fossem responsáveis, aforando-os, emprazando-os ou arrendando-os, quando para tal estivessem autorizados e desde que não se pudessem ocupar deles diretamente. Deveriam evitar a alienação desses bens; ordenar a elaboração de um tombo com o registo dos bens da comenda e suas demarcações; e reparar tudo o que fosse necessário. Era seu dever também manter boas relações com os vassalos, não abusando dos seus direitos sobre eles.
Militarmente, na Idade Média, competia-lhes possuir junto de si o número de homens armados que a Ordem lhes estipulava e obedecer à chamada do Mestre para a guerra e segui-lo, ou ao Comendador-mor.
Os mais destacados comendadores de Mouguelas foram Vasco da Gama, João da Silva Telo de Menezes e Dinis de Melo de Castro.