Presenças régias
Na Idade Média a Coroa portuguesa entregou o território onde se inclui a Herdade da Comenda à Ordem Militar de Santiago da Espada.
Nos seus tempos áureos, entre os séculos XV e XVI, passaram pela propriedade alguns dos reis de Portugal, como D. Afonso V e D. Manuel I.
Em 1551, a administração das ordens militares, incluindo a de Santiago, foi transferida para a Coroa, e os mestres das ordens passaram a ser os reis de Portugal.
Com a extinção das ordens religiosas, em 1834, ocorreu a nacionalização dos seus bens, pelo que a Comenda se tornou património do Estado e foi, posteriormente, vendida a um particular, passando sucessivamente por diferentes proprietários até à atualidade.
Presenças Régias
Em 1458 D. Afonso V passou por Mouguelas com uma armada de 93 navios, enquanto aguardava bom tempo para partir para Alcácer Ceguer. A cidade do Norte de África seria conquistada entre 23 e 24 de outubro daquele ano.
No dia 3 de maio de 1506 D. Manuel I convocou, para o dia seguinte, para uma reunião em Mouguelas, os oficiais da câmara de Lisboa e os quatro procuradores dos mesteres da cidade.